随着现代化科学技术的发展，内窥镜经过彻底改革，用上了光学纤维。1963年，日本开始生产纤维内窥镜，1964年研制成功纤维内窥镜的活检装置，这种取活检的特别活检钳能够有合适的病理取材而且危险小。1965年，纤维结肠镜制成，扩大了对于下消化道疾病的检查范围。1967年开始研究放大纤维内窥镜以观察微细病变。光纤内窥镜还可以用来做体内化验，如测量体内温度、压力、移位、光谱吸收以及其他数据。

1973年，激光技术应用于内窥镜的治疗上，并逐渐成为经内窥镜治疗有消化道出血的手段之一。1981年，内窥镜超声波技术研制成功，这种把先进的超声波技术与内窥镜结合在一起的新发展，大大增加了对病变诊断的准确性。

1987年，PhillipeMouret首先开创了电视内窥镜手术。

现代意义的内窥镜检查是随着光导纤维内窥镜的发明而逐渐形成的。进入20世纪60年代，在美国开发的“玻璃纤维”受到各个领域的广泛关注。早在20世纪30年代，已有用于光纤内窥镜传导光线的光纤，但由于光线在传输过程中损耗率过高，传输光信号的光导纤维一直没有取得进展。光导纤维内窥镜是一条细长柔软的管子，管内有一束导光的玻璃纤维，两端各装有一个透镜。检查时将管子一端插入人体内部待查器官，从另一端即可看见器官内部的情况。内窥镜通常附有照明光源，有些还配备了进行手术治疗的器具，如激光器等。在光传输机理中引入了光纤，视频镜头成为图像捕捉的首选。能够同时拍摄照片的内窥镜是1964年诞生的“纤维内窥镜”。到60年代，内窥镜才具有图像捕捉和测量能力。1975年左右，胃照相机的时代走到了尽头，完全被“纤维内窥镜”所替代。中国纤维光学专家张振远承担国家地方重大科技攻关项目“系列光纤传象束及工业内窥镜规模化生产技术研究”，技术达国内领先、世界先进水平，并建立了国内唯一能批量系列生产传象束及内窥镜的生产基地。

1983年，一种新型的电荷耦合器件(CCD)内窥镜是由美国纽约州的韦尔奇??艾林仪器公司首先研制成功的。CCD内窥镜插入体内的一端装有在一小块硅片卜集成的CCD“镜头”，实际上是一种新型的光电图像传感器，其功能与电视摄像机相近。它能将待查部位的图像转化为数字化的电信号，图像通过金属导线传送，由类似电视接收机的“图像监视器”显示。这一技术的应用，使图像的贮存、再现、会诊以及计算机管理成为可能。

2002年11月，世界上首台“高清晰内窥镜系统”诞生，内窥镜的概念发生极大的改变。它凝集了最尖端的影像技术，提供的画像精度使诊断极其微小的病变成为了可能。现代视频内窥镜、电子内窥镜、超声内窥镜的出现又开辟了现代医学内镜的新纪元内窥镜从检查、诊断时代进入了治疗、手术的时代。