显微镜以显微原理进行分类可分为偏光显微镜、光学显微镜与电子显微镜和数码显微镜。

1、光学显微镜：通常皆由光学部分、照明部分和机械部分组成。无疑光学部分是最为关键的，它由目镜和物镜组成。光学显微镜的种类很多，主要有明视野显微镜（普通光学显微镜）、暗视野显微镜、荧光显微镜、相差显微镜、激光扫描共聚焦显微镜、偏光显微镜、微分干涉差显微镜、倒置显微镜。

2、电子显微镜：电子显微镜比光学显微镜高得多的对物体的放大及分辨本领，它将电子流作为一种新的光源，使物体成像。电子显微镜种类包括透射电子显微镜、X光显微镜、扫描电子显微镜。常用于生物、医药及微小粒子的观测。

3、偏光显微镜：凡具有双折射的物质，在偏光显微镜下就能分辨的清楚，当然这些物质也可用染色法来进行观察，但有些则不可用，而必须利用偏光显微镜。偏光显微镜主要是用是来观察液晶、纤维等自身具有单折射性或双折性的物体。

4、数码显微镜：数码显微镜是将精锐的光学显微镜技术、先进的光电转换技术、液晶屏幕技术完美地结合在一起而开发研制成功的一项高科技产品。从而，我们可以对微观领域的研究从传统的普通的双眼观察到通过显示器上再现，从而提高了工作效率。